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密码子使用频率计算

研究表明,密码子偏爱性是影响重组蛋白表达的一个重要因素。进行重组表达前,计算得到序列的密码子使用频率,了解该序列中某氨基酸所偏好的同义密码子是十分必要的。在得到密码子使用频率后,通过与表达宿主的密码子使用频率表进行对比,可得到密码子适应指数(CAI)

同义密码子:遗传信息在由mRNA到蛋白质的传递过程中是以三联体密码子的形式传递的。每种氨基酸至少对应一个密码子,最多的有6种对应的密码子。编码同一种氨基酸的密码子称为同义密码子。

密码子的偏好性(Codon Usage bias):在蛋白质的合成过程中,同义密码子的使用概率并不相同。某一物种或某一基因通常倾向于使用一种或几种特定的同义密码子(例如人类基因中,丙氨酸密码子多为GCA,GCC或GCT,而GCG很少使用),这种密码子使用频率存在差异的情况被称为密码子偏爱性。

使用方法

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