密码子使用频率表
快速查询常见物种密码子使用频率表，包括大肠杆菌、酿酒酵母、草地贪夜蛾、人HEK细胞、黑线仓鼠CHO细胞等
稀有密码子分析工具
分析序列中的稀有密码子并以图表形式直观展示在结果中，同时也会分析基因对宿主细胞的密码子适应指数CAI
GC含量计算
GC含量又称为G+C比值或GC比值，在序列中，鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）所占的比率称为GC含量。
信号肽分析
输入序列，对序列中是否存在信号肽及信号肽位置进行分析
跨膜区预测
输入序列，对序列中是否存在跨膜区及跨膜区位置进行预测。
抗原决定簇预测(v2)
采用与BepiPred-2.0相同的算法，访问速度比BepiPred-2.0快，操作更方便。1-2分钟可得到分析结果
蛋白二级结构预测
利用chou&fasman预测方法对蛋白质的α-螺旋、β-折叠、β-转角等二级结构进行预测
