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碱基顺序比对工具 - Sequence Manipulation Suite

碱基顺序比对工具（按碱基标颜色）可以将FASTA格式或者GDE格式的多条序列，逐个碱基进行比对，根据比对情况标记相应的颜色。与Blast不同，它不会考虑gap，它只是简单按照碱基顺序逐一进行比较。特定碱基位如果完全相同则标记为黑色，如果不完全相同则标记为灰色，如果完全不同则留为白色。您可以控制碱基相似率，大于这个相似率即可显示为黑色背景。

输入多条FASTA格式或GDE格式的序列，长度限定在200000个字符.

>CremaneiFEM-2
-------------------MSDSLNHPSSSTVHADDGFEPPTSPEDNNKK
PSLEQIKQEREALFTDLFADRRRSARSVIEEAFQNELMSAEPVQPNVPN-
-PHSIPIRFRHQPVAGPAHDVFGDAVHSIFQKIMSRGVNADYSHWMSYWI
ALGIDKKT-QMNYHMKPFCKDTYATEGSLEAKQTFTDKIRSAVEEIIWKS
AEYCDILSEKWTGIHVSADQLKGQRNKQEDRFVAYPNGQYMNRGQ-SDIS
LLAVFDGHGGHECSQYAAAHFWEAWSDAQHHHSQDMKLDELLEKALETLD
ERMTVRSVRESWKGGTTAVCCAVDLNTNQIAFAWLGDSPGYIMSNLEFRK
FTTEHSPSDPEECRRVEEVGGQIFVIGGELRVNGVLNLTRALGDVPGRPM
ISNKPDTLLKTIEPADYLVLLACDGISDVFNTSDLYNLVQAFVNEYDVED
YHELARYICNQAVSAGSADNVTVVIGFLRPPEDVWRVMKTDSDDEESELE
EEDDNE
>CelegansFEM-2
--------------------------------------------------
--MEKVNEERDAVFEDHIGDRRRSVRSLLEEAFADEMEKTSYDVEVADTP
-QPHIPIRFRHPPIAGPVHDVFGDAIHDIFQKMMKRGQAVDFCHWVSHLI
ATEIDEKFSEVAFRDVQYNPDIYVTDSTTEAKKLFNDKIWPAIDKILQQN
AETCPILSEKWSGIHVSGDQLKGQRHKQEDRFLAYPNGQYMDRGE-DPIS
VLAVFDGHGGHECSQYAAGHLWETWLEVRKSRDPSDSLEDQLRKSLELLD
ERMTVRSVKECWKGGSTAVCCAIDMDQKLMALAWLGDSPGYVMSNIEFRQ
LTRGHSPSDEREARRVEEAGGQLFVIGGELRVNGVLNLTRALGDVPGRPM
ISNEPETCQVPIESSDYLVLLACDGISDVFNERDLYQLVEAFANDYPVED
YAELSRFICTKAIEAGSADNVSVVIGFLRPPQDVWKLMKHESDDEDSDVT
DEE---
>CbriggsaeFEM-2
MSGPPPPKTNEKSSQPVTGRSQEPTRKGQLGPNYLRIIEEDEEYGHALLE
PSEEQIKFEREALFEDLHLDRQRSARSFIEETFEEEMLGPQNGIPPTTES
PQSYIPIRYRNPPAAAPVHDVFGDAVHAIFQKLMTRGPPVEYCHWMSYWI
AKQIDKDS-PVKYHECRFTPDQYVTENTAEAKKTYMDNMWKAAEKNLWMY
TYNSPLLRTKWTGIHVSAEQIKGQRHKQEDRFVAYPNSLYMDTSRSDHIA
LLGVFDGHGGHECSQYAAGHMWETWIETRASHFEEP-LEKQLKTSLDLLD
ERMTVRSTKECWKGGTTAVCCAIDMNKKELAFAWLGDSPGYIMDNLEVRK
VTRDHSPSDPEEGRRVEEAGGQLFVIGGELRVNGVLNLTRALGDVPGRPM
ISNQAETCQRDIEVGDYLVILACDGISDVFNTSDLYNLVQAYVNENPVEE
YNDLAHYICHEAIAHGSTDNVTVVIGFLRPPQDLWRMMKIDEESDEEEDE
VDDE--

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每行显示个碱基.
碱基相同率达到多少，可认为是序列一致:
颜色标记方法 .

输入一组相似氨基酸并用逗号隔开，它将被用于相似程度计算。如果您是要比对DNA序列，请留空。

输入每条序列比对时的开始位置，并用逗号隔开，顺序请保持与序列顺序一致. 形式如: 0, 200, 0, -1. 如果没有指定，则默认为从第一位置（0位）开始。

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