格式转换工具
合并FASTA格式序列
EMBL格式转换为FASTA格式
EMBL特征抽取器
EMBL翻译信息提取
DNA序列清理
蛋白序列清理
GenBank格式转换成FASTA格式
GenBank文件特征提取器
GenBank翻译信息提取
氨基酸单字母到三字母
DNA子串提取
蛋白序列子串提取
反向互补序列计算
密码子分离器
FASTA文件分割
氨基酸三字母到单字母
滑动窗口方式提取DNA子串
滑动窗口方式提取蛋白序列子串
序列分析工具
绘制密码子谱
密码子使用频率表计算
CpG岛分析
DNA分子量计算
正则表达式查找DNA子串
DNA碱基统计
模糊方式获取DNA子串
模糊方式获取蛋白子串
DNA/蛋白序列相似度比较
根据已知蛋白序列生成cDNA
酶切突变工具
开放阅读框查找
双序列密码子比对
双序列DNA碱基比对
双序列蛋白残基比对
PCR引物信息统计
PCR产物推测
蛋白亲水分析工具
蛋白等电点计算器
蛋白分子量计算
正则表达式查找蛋白子串
蛋白序列氨基酸组成统计
DNA模拟酶切分析
常见酶切位点统计
蛋白序列到基因序列
基因序列到蛋白序列
序列图形化分析工具
颜色法标记DNA/蛋白保守区
颜色法标记蛋白残基生化相似度
DNA带数字分组格式化
蛋白序列带数字分组格式化
模板引物匹配图
酶切位点标记图
DNA翻译图谱
随机序列生成工具
随机突变DNA
随机突变蛋白序列
随机生成cDNA
随机生成DNA
随机突变特定位置的DNA
随机生成蛋白质序列
随机突变蛋白序列的特定位置
DNA随机采样
蛋白质随机采样
打乱DNA
打乱蛋白序列
Miscellaneous
IUPAC编码表
密码子表
浏览器兼容性要求
如何镜像此程序
单机版使用方法
关于序列操作套件
致谢
文献
The Sequence Manipulation Suite Copyright © 2000, 2004 Paul Stothard. Send questions and comments to stothard@ualberta.ca
Home
引物模板匹配工具
- SMS2南京德泰生物镜像
引物模板匹配工具可以用格式化文字的方式将引物映射到模板上,用以展示PCR引物的退火位置。限制性酶切位点及翻译后的蛋白序列也会展示在结果中。当需要为模板设计大量引物时,此工具特别有用。此工具支持所有IUPAC字符和多种密码子表。
Paste a raw sequence or one or more FASTA sequences into the text area below. Input limit is 200000 characters.
输入原始序列或者1到多条FASTA序列,长度限制在200000以内。
>sample sequence cagctggggggaggtggcgaggaagatgacgtggtcgaggtcgacggtatcgagttgtcgcggcagctgccaatacgactcactatagaggagaagtagcaagaaaaataacatgataattatcacgacaactacctggtgatgttgctagtaatattacttgttatttttctcgtcatcttcccggcgacgtcgccagcaacatctttagtgagggttaatcacctgctacttctcccgccacctccc
输入需要展示的引物信息。形如:
(T7) aatacgactcactatag
。圆括号是引物的名字, 序列书写方向5'到3'。多条引物时,需要用逗号隔开。
(reverse) aacagctatgaccatg, (T3) attaaccctcactaaag, (KS) cgaggtcgacggtatcg, (SK) tctagaactagtggatc, (T7) aatacgactcactatag, (-40) gttttcccagtcacgac, (Sp6) atttaggtgacactatag, (M13 for) gtaaaacgacggccagt, (M13 rev) cacacaggaaacagctatgaccat, (BGH rev) tagaaggcacagtcgagg, (pGEX for) ctggcaagccacgtttggtg, (pGEX rev) ggagctgcatgtgtcagagg, (T7-EEV aaggctagagtacttaatacga, (pUC/M13 Forward) gttttcccagtcacgac, (pUC/M13 forward) cgccagggttttcccagtcacgac, (pUC/M13 reverse) caggaaacagctatgac, (pUC/M13 reverse) tcacacaggaaacagctatgac, (Glprimer1) tgtatcttatggtactgtaactg, (GLprimer2) ctttatgtttttggcgtcttcca, (RVprimer3) ctagcaaaataggctgtccc, (RVprimer4) gacgatagtcatgccccgcg, (Lambda gt11 Forward) ggtggcgacgactcctggagcccg, (Lambda gt11 Reverse) ttgacaccagaccaactggtaatg, (Lambda gt10 Forward) cttttgagcaagttcagcctggttaag, (lambda gt10 Reverse) gaggtggcttatgagtatttcttccagggta, (Pinpoint Sequencing) cgtgacgcggtgcagggcg, (pTarget Sequencing) ttacgccaagttatttaggtgaca
使用此工具之前,请详细了解
浏览器兼容性
要求.
每行显示
105
90
75
60
45
30
个碱基。
翻译开始位置
1
2
3
1, 2, and 3
大写
none
使用
standard (1)
vertebrate mitochondrial (2)
yeast mitochondrial (3)
mold mitochondrial (4)
invertebrate mitochondrial (5)
ciliate nuclear (6)
echinoderm mitochondrial (9)
euplotid nuclear (10)
bacterial (11)
alternative yeast nuclear (12)
ascidian mitochondrial (13)
flatworm mitochondrial (14)
Blepharisma macronuclear (15)
chlorophycean mitochondrial (16)
trematode mitochondrial (21)
Scenedesmus obliquus mitochondrial (22)
Thraustochytrium mitochondrial (23)
密码子表
.
限制性酶切位点
展示
不展示
序列为
线性
环形
分子.
输出
彩色
黑白
结果.
* 此工具需要浏览器支持JavaScript. 详情请见
浏览器兼容性介绍.
* 您可以
镜像此工具
到自己的网站 or 也可以单机使用。
新窗口打开
|
SMS2汉化版
|
引用文献
Thu Aug 27 17:17:36 2015